应用软件Fgenesh预测水稻基因

【目的】为生物基因组序列注释提供一定科学依据,加快序列注释进度和精确性。 【方法】以粳稻日本晴(Oryza sativa L.ssp.japonica cv.Nipponbare)较长的6号染色体的序列为例,采用生物信息学手段,详细探索了Fgenesh(v2.0)对单子叶模式植物水稻基因的预测。 【结果】预测的基因数涵盖了注释的基因数且两者相差不大;预测的基因以多外显子基因为主,占总基因的77.52%;预测基因的长度变化幅度很大;从显著匹配数上来看,Fgenesh对多外显子基因预测准确性较高,其中TIGR注释支持度达到100%,cDNA的支持度也在78%以上;从Fgenesh对多外显子基因不同位置的外显子预测来看,居间外显子和末端外显子的cDNA支持度较高;高支持度的多外显子基因中居间外显子的长度较短,而起始外显子和末端外显子较长;高支持度的单外显子基因长度多数较短;从外显子数目上看,高支持度多外显子基因的外显子数目主要集中在5以下。 【结论】Fgenesh对水稻基因的预测有较高的准确性,但需要将预测结果与cDNA数据库进行序列比对,根据cDNA的支持情况对预测结果做必要的修订。