采用SSR和AFLP分子标记技术,对中国不同年代培育的54个抗枯、黄萎病陆地棉品种(系)分子水平的遗传差异进行了研究。22对SSR引物和20个AFLP引物组合共扩增出446个多态性标记,每个品种平均8.26个。采用SPSS11.5软件计算欧氏距离,中国抗病品种间欧氏距离分布在5.568~11.790之间,平均值为8.906;单一品种欧氏距离平均值为8.530~10.011,高于欧氏距离总平均值的品种共10个,占品种总数的18.52%;85.55%的品种欧氏距离值分布于7.000~10.000之间,表明中国供试抗病品种群体的遗传基础较为狭窄。作为比较对照的4个国外品种间欧氏距离变化在9.055~10.724之间。国内品种与国外品种之间的欧氏距离介于6.481~12.490,82.02%的品种欧氏距离值分布于8.000~11.000之间,表明国外品种与国内品种之间遗传差异较大。基于SSR和AFLP整合数据的聚类分析,58个品种被划分为5个SAG(SSR&AFLP-basedgroups)分子类群,SAG的划分与品种系谱来源有较强的相关性。

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