为了比较ISSR和SSR标记在披碱草属(ElymusL.)植物研究中的可应用性,用33个ISSR引物和137对小麦SSR引物对该属12个物种进行了分析。筛选出18个ISSR引物和14对小麦SSR引物可用于遗传多样性分析。12个物种的PCR分析表明,18个ISSR引物和14对SSR引物的多态性位点百分率分别为84%和91%,均表现出较高多态性,基于两种标记的种间聚类状况与物种的倍性水平和形态学相似程度存在较高一致性。在12个种间,ISSR的标记指数MI值(10.2)为SSR(4.3)的2.4倍,表明ISSR具有更大的标记效率;但在亲缘关系较近的肥披碱草、圆柱披碱草、麦宾草和披碱草等4个种间,SSR具有更大的标记效率。Mantel检测显示,在12个种间两种标记的遗传相似性显著相关(r=0.856,t=6.446),但在4个近亲缘关系种间相关不显著(r=0.679,t=1.595)。两种标记的标记效率和相关性在不同亲缘关系水平上的改变,说明不同的标记具有不同的多态性检测范围。

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