基因组水平上水稻受体激酶基因家族的生物信息学分析

对已完成全序列分析的籼稻(北京基因组信息中心,BGI)和接近完成全序列分析的粳稻(国际水稻基因组测序计划,IRGSP)的蛋白质数据库进行两步HMM(hidden markov model)模式匹配搜寻,在基因组水平上分别获得籼稻和粳稻受体激酶5个基因家族的成员序列共643和701个,对粳稻受体激酶进行了详细的生物信息学分析。对粳稻和籼稻的同源比较分析表明,受体激酶基因存在非常强的保守性,但不同基因在基因组水平上可能存在不同水平的扩增。对Swissprot数据库的同源分析表明,这些基因是植物特有的受体激酶。搜索酵母已知蛋白质数据库没有发现相似的基因。搜索粳稻EST数据库,发现约30%的基因可以找到支持其表达的EST证据。对粳稻受体激酶各亚家族成员进行了多序列联配和家族分类分析,该家族可分为229个簇,整个基因家族的冗余度较高。