用生物信息学技术构建cSSR分子标记开发体系

存在于基因编码区的简单重复序列(又称cSSR或者EST-SSR),既可用作分子标记又可用于基因功能研究。Internet上大量的EST数据为cSSR标记的开发提供了丰富的资源。生物信息学是cSSR分子标记开发的有力工具。笔者构建的cSSR分子标记开发体系包括自行编制的SSR标记发掘程序SSRFinder,生物学家常用的引物设计程序Primer3和DNAstar, 以及遗传定位程序MapMaker和图形显示程序JgeneMap。根据SSR分子标记发掘中存在的问题,提出了SSR分子标记发掘算法,并用此算法编写了程序SSRFinder。利用该程序不但可以从大量的EST序列中发掘cSSR标记,还能比较准确地进行统计和分析。JgeneMap完善了GeneMap的图形显示功能,增加了图片保存及调整图片大小和字体类型、大小的功能,具有友好的用户图形界面。用此体系已从小麦的37 270条EST中挖掘了1228个精确cSSR(perfect cSSR) 和875个复合型cSSR(compound cSSR);根据1228个精确cSSR标记序列成功设计了597对引物,其中478对为有效扩增引物,在小麦遗传图谱上已经定位了66个标记。