果中等大至大，芳香，椭圆状、纺锤状或桃形，横径5.5~6.8cm，纵径7.9~8.5cm，单果重105~245g；顶部钝尖、圆钝或尖突，乳突长而明显（一般长0.65~0.87cm），花柱宿存或半宿存；基部较狭，钝圆，具短颈；蒂周围有6~9条放射沟（直达果顶），沟间呈浅丘状（果实基部）或肋状（果面）隆起；果面粗糙，柠檬黄色，有少许皱褶和小瘤状突起；油胞微凹，凹点较大略深、分布不均匀；果皮厚0.3~0.4cm，包着紧实，难剥离；中心柱大，圆形，充实；10~13瓣，梳状，囊壁厚、较韧；汁胞细长，披针形；果肉较脆硬，淡青的乳黄色，汁多，味极酸，微涩，果胶质偏多。种子多，中等偏小，饱满，倒卵状或倒阔卵状，每果75~101粒；表面光滑；外种皮薄革质，半透明；合点小；基嘴短而尖，多向一侧歪斜；多胚，子叶和胚乳白色。
总状花序，偶有腋生丛状花和单花，花较一般枸橼花要小，开张径3.2~3.3cm，水平径3.8~3.5cm；雄蕊24~43枚，3~8枚基部联合，不易离散，也有单生；花药较短，为雄花丝的1/3~1/4左右。
小果香橼在我国分布地域非常狭窄，仅限于云南巍山至临沧一带河溪滩地，从形态特征分析，本品种与思格勒（Engler, H. G. A.）1931年命名的枸橼变种Citrus medicavar.ethrogEngl.极为柑相似。
