果椭圆状、卵状或阔卵状或桃形，横径8.0~8.5cm，纵径10~11.5cm，单果重100~250g左右；顶部短圆锥状或圆或尖突，具“脐”（由内轮附生心皮发育而来），顶端呈孔状或洞状开裂，脐孔内含肉质指状突起物数条（由开裂的内轮附生心皮发育而来）；果实基部狭平或钝圆，偶有短颈，蒂周围有9~10条或更多放射状浅沟，沟间呈丘阜状隆起；表面粗糙或较粗糙，有光泽，柠檬黄色，有小瘤突，偶有小皱褶；从果基部延伸至果面放射沟，浅且宽，沟间呈肋状隆起；油胞较大，分布密，平生或微突，稀有凹入；凹点中等大，浅且较密；果皮包着紧实，难剥离，厚0.2~0.4cm，海绵层厚致密，中心柱圆形，偶有星芒状，充实；囊瓣8~12瓣，最多可达17~19瓣（包括“脐”中次生小囊瓣）；肾状，梳形或半月状，大小差异较大，难分离，囊壁厚且较韧；汁胞细长，披针形、长卵状或长椭圆状，汁胞壁较厚而脆；果肉浅青黄色，较硬脆，果汁较少，不化渣，味很酸，无异味，鲜食品质差；果实可食部分占全果45.99%，出汁率29.2%，100ml果汁中含糖0.66g，柠檬酸4.83g，维生素C17.9mg，可溶性固形物为5.5%左右。种子每果11~15粒，饱满，倒卵状至倒阔卵状；外种皮薄革质，平滑，半透明；合点略大；基嘴短，短宽或短尖；单胚，偶有2胚，子叶乳白色，胚乳黄白色。
灌木状，开张，树冠乱，10年生树高1.5~2.0m，冠径2.5~3.0m，嫩梢及幼叶带紫红色；分枝角度大，枝梢粗壮，较软，披垂性强；针刺粗壮，多且长。叶片中等大，椭圆形或倒卵状椭圆形，长6.8~7.5cm，宽3.6~3.65cm；先端圆或平圆，尖头极短、突尖或无尖头或呈深凹口状；基部圆钝；叶柄短，0.3~0.7cm长；无关节或偶有模糊的关节；无翼叶或本叶基部延伸呈极不明显线状。短总状花序（4~9朵组成）或丛生，偶有单生；花蕾大，椭圆状，表面紫红色或带紫红色斑块，一年多次开放；花大，开张径4.15~4.05cm，水平径4.35~4.80cm；花瓣5~6枚或更多（有雄蕊瓣化现象），背面紫红色或具紫红色斑块，盛开时近于水平或微有反曲，椭圆形或舌状椭圆形（长2.0~ 2.2cm）；雄、雌蕊群分内外两轮交替
着生，少有三轮交替着生；雄蕊52~61枚（外轮32~36枚，内轮20~25枚，第三轮极少有发育完全雄蕊），3~5枚基部粘连，极易离散（内轮雄蕊离生）；花药长大，约占花丝长的1/2~2/3左右（内轮花药为花丝长的4~5倍）；花丝密被短茸毛，横断面为矩形；雌蕊群分内、外轮：（1）外轮雌蕊（心皮群）卵状椭圆形，或花瓶状（纵剖为管状）高1.5~1.65cm，横径0.8~085cm；花柱、柱头、子房之间无明显界限（花柱、柱头不脱落，伴随果实同步生长膨大，形成果实顶部）；柱头圆环状（中空），顶部表面有数条浅棱沟（部分花的柱头沿棱沟开裂形成若干个小柱头）；花柱短粗，管状，与子房交接处界限不明显，偶有模糊环状沟；子房表面有较明显纵沟8~11条，10~12室，发育良好，每室有胚珠数个；（2）内轮心皮群着生于蜜盘延伸的外轮心皮群内，各心皮向上延伸形成7~8个离生或半离生肉质指状物，约7~8室，每室有败育胚珠数个（大部分花的内生心皮不甚发育，但心室发育良好）；（3）通常第三轮雄雌蕊群不发达，极少有心室，心皮群顶端呈指状；蜜盘与外轮心皮群（子房）等大；萼杯状，5浅裂，裂片扁三角状，有短茸毛；花梗有短柔毛。
云南香橼发现于云南宾川县炼洞地区，在枸橼类中属较耐寒品种，多用做柑桔园围篱，扦插繁殖用于甜橙和宽皮柑桔类的砧木。嫁接成活率高，生长快，矮化现象明显，投产早、产量高，但果实味偏淡，树体易早衰，感病率高。
据传，云南香橼系20世纪30年代前后，由云南漾鼻县传入宾川，果实用做中药材。
云南香橼（枸橙）花、果结构独特，极可能是大香橼的突变体，其花和果实形态特征，均介于枸橼与变种佛手之间。1979年丁素琴等在《园艺学报》发表并定为枸橼（Citrus medica）的一个变种，命名为云南香橼Citrus medicavar.yunnanensisS. S. Ding。
