黑麦染色体组中一个新重复序列的发现、定位与应用

【目的】寻找黑麦基因组中新的重复序列作为特异PCR标记。 【方法】以普通小麦中国春、川农18、育成品系R111、绵阳11为对照,以荆州黑麦、秦岭黑麦、非洲黑麦、森林黑麦为材料,用RAPD法筛选到黑麦基因组中的一个高拷贝DNA片段OPD15940,将OPD15940输入到NCBI的BLAST框中进行比对。根据OPD15940设计特异PCR引物D15F和D15R,利用这对引物对小麦族物种进行扩增,验证OPD15940的特异性。进而利用原位杂交技术定位pScD15940在染色体上的位置。 【结果】序列比对后发现OPD15940与重复序列Sukkula中近60个53bp的小片段有较高的同源性,但又不同于Sukkula,是一类新的重复序列。通过特异PCR确定仅含黑麦染色质的物种能扩增出OPD15940,因而OPD15940为黑麦所特有。原位杂交结果显示除端部区域外,pScD15940弥散状分布在黑麦整套染色体上。 【结论】OPD15940可以作为分子标记检测导入到小麦背景中的黑麦染色体。