家蚕基因组中SnoRNA(Box C/D)的生物信息学分析与研究

【目的】探索生物信息方法在家蚕基因组snoRNA预测中的应用,了解snoRNA在家蚕基因组的分布和结构特征。 【方法】利用已有和自行设计的生物信息工具对家蚕基因组中BoxC/DsnoRNA进行预测和手工校正。 【结果】获到家蚕基因组中的70个snoRNA和56个推测的甲基化位点。结构分析发现D′box和末端茎环结构的不保守性;分析snoRNA在基因组上的分布,未发现普遍的成簇分布的现象,且内含子和基因间隔区的snoRNA数目接近;预测得到的家蚕BoxC/DsnoRNA与已报道果蝇BoxC/DsnoRNA进行相似性分析,表明两个物种的BoxC/DsnoRNAs在一级结构上存在较大的差异。 【结论】基于结构特征预测的方法有利于逐步揭示家蚕基因组中存在的snoRNA信息;但与家蚕同源关系较近的物种,其snoRNA在序列上可能有较大变化,故可能不适合以序列同源来对其进行预测。